MTs. Al-Furqon didirikan  oleh Yayasan Pendidikan Islam Al-Gufron pada tahun 1982 M. atau bertepatan dengan tanggal 17 Ramadhan tahun 1401 H.  MTs. Al-Furqon  beralamat di desa Dayeuh  Kecamatan Cileungsi kabupaten Bogor Propinsi Jawa Barat.

Nama Al-Furqon di ambil dari salah satu nama Al-qur’an . hal itu mengenang waktu didirikannya  yaitu  pada tanggal 17 Ramadhan 1401 H atau 1 Juli 1982 M, pada hari itu diperingati  hari nuzulul Qura’an  ( diturunkannya Al-Qur’an ) . Hal ini yang melatarbelakangi  pemberian nama tersebut bahwa  arti Al-furqon ialah “Pembeda” antara yang haq dan yang bathil atau yang baik dan yang buruk . Hal ini sejalan dengan tujuan  Yayasan Pendidikan Islam Al-Gufron yang mendidrikan dan menyelenggarakan MTs. Al-Furqon tersebut . yaitu untuk membina pribadi muslim yang bertaqwa  kepada Allah SWT.  Orang yang bertaqwa tentunya  dapat membedakan antara haq  dan yang bathil , antara yang baik dan yang buruk serta mengerjakan                            ( mengamalkan ) dan membela mana yang baik  serta meninggalkan dan menjauhi  perbuatan buruk dan bathil.

Pada tahun pertama berdirinya MTs. Al-Furqon yaitu pada tahun 1982 sampai pada tahun 1985 madrasah tersebut belum memiliki bangunan ( gedung ) sendiri, maka kegiatan proses belajar mengajar dilakukan dengan menumpang di SDN 06 Cileungsi , sedangankan kegiatan-kegiatan yang berhubungan dengan administrasi dilakukan diruangan rumah penduduk yang disewa  ( dikontrak ).

Pada Tahun 1985 MTs. Al-Furqon menumpang di MI  / Madrasah Ibtidaiyah dayatussalam

Yang berlokasi di Kp. Dayeuh Rt. 02/2  desa Dayeuh Kecamatan Cileungsi dan  Kegiatan Belajar Mengajar dilaksanakan pada siang hari.

Pada tahun 1986 MTs. Al-Furqon sudah memiliki gedung sendiri yang berlokasi di Kp. Dayeuh Rt.03/01 mulai menempati  empat  Ruangan sendiri dengan ruangan belajar sebanyak 4 lokal  dan 1 ruangan Kantor.  Pada tahun 1988 mendapat tambahan 1 lokal ruang belajar, dan ruang pada lantai bawah dan 2 ruangan pada lantai atas pada tahun 2001 merehab bangunan serta menambah ruangan belajar, rehab 6 ruang dan menambah 6 ruang belajar, 1 ruang perpustakaan, 1 ruangan laboratorium. Dan pada  tahun 2006 telah dibangun 3 lantai dengan 9 ruangan belajar.

Maka pada saat ini MTs. Al-Furqon sudah memiliki bangunan /lokal ruang belajar sejumlah 24 ruang  dan memiliki  1 ruang Kepala Sekolah, 1 Ruang yayasan ,1 ruang  Kepala Tata Usaha (TU), Ruang  staf Tata Uasaha, 1 ruang Guru, 1 ruang Sarana Prasarana, 1 Ruang  gudang,  Toilet putra putrid 20 ruang,  Tempat Wudhu putra & putria 32 buah ,  Ruang /Pos Jaga  ( Satpam ) 1 Ruang perpustakaan , 1 Ruang laboratorium computer ,1 Ruang 1 lab bahasa, 1 Ruang BP/BK, 1 Ruang Pramuka dan OSIS, 1 Ruang UKS , 1 Ruang Kantin ,1 Ruang Kesenian/Prakarya , Ruang  Lab. IPA, serta 1 buah  bangunan